(一)查明事實階段

即查清違章建筑形成的時間、原因、結構、面積、用途，是否存在民事糾紛，是否存在同時違反兩個以上的行政法律規范的情形，是否已經行政執法機關查處等。對已經查處的按查處的結論辦理，對未經查處的，進入下階段。

(二)處理和處罰階段

1.處理和處罰的程序

第一步按時間分類分流。

原城鄉建設環境保護部于1988年頒布的《關于房屋所有權登記工作中對違章建筑處理的原則意見》從違章建筑形成時間、所處地域、產生的影響三個方面提出了“三從寬三從嚴”的方針，對現在處置違章建筑仍有參考意義。故此就應當以相關法律法規的頒布施行為依據，根據本地城市規劃的具體時間合情合理地確定違章建筑的時間界限。具體可采取兩段式或三段式。兩段式即劃定一個時間點，在此時間點之前形成的違章建筑(注：以下涉及到違章建筑的時間問題的，一般是指違章建筑的形成時間)可補辦手續作合法建筑處置，在時間點后的作違章建筑處理。三段式是劃定兩個時間點，在第一個時間點前的一律補辦手續，不予處罰，作合法建筑處置：在第一個時間點之后，第二個時間點之前的，從寬處理，能不拆除或沒收，一律不處以拆除或沒收;可以不予行政處罰的，一律不予行政處罰：在第三個時間點之后的要從嚴處理。筆者建議采取三段式，理由是城市規劃是一個復雜的過程，應當有一個過渡期。

對可以直接補辦手續的，直接進入補辦手續階段;對需進一步處理的則進入下一步。

第二步，按是否存在違章建筑的行為同時違反了兩個以上的行政法律規范的情形為標準分類分流。

若不存在這一情形，則一般是只違反建設規劃的，則交由建設規劃行政主管部門處理;若存在這一情形的，則由一個行政主管部門牽頭處理。

第三步，作出處理或處罰決定。

然后根據處理或處罰決定分別處置，對補辦手續的，進入補辦手續階段;對處以沒收或限期拆除的，進入執行階段。

2.處理或處罰時應當掌握的幾個原則

一是從舊兼從輕的原則。適用這一原則有兩種情況：第一種是法律、法規、規章進行了修改;第二種是在違章建筑形成后，規劃進行了調整，使原有的違章建筑對規劃的影響發生了變化的。在第二種情況下計算追訴時效時，同樣適用從舊兼從輕的原則。

二是優先從重處罰的原則。適用這一原則的前提是違章建筑的行為同時違反了兩個以上的法律規范，可以由兩個以上的行政執法部門查處的情況。對于有兩個以上的行政執法部門對行政處罰管轄權發生爭議的，可由牽頭部門協調一個部門管轄;協調不成的，由相關行政執法部門報請共同的上一級行政機關確定，若其共同的上一級行政機關為當地政府的，牽頭處理部門可直接報請當地政府確定。